Впервые построена в 1015 году и освящена в честь Девы Марии. Была разрушена во время нашествия монголов в 1242 году, затем в конце XIII века отстроена вновь. За время существования много раз переделывалась и достраивалась. Во второй половине XIV века, при короле Матьяше Хуняди, подверглась значительной реконструкции, получив его имя. Во время турецкого владычества интерьер церкви был изменён, стены побелены, здание превращено в мечеть. После освобождения от турок в 1686 году, была предпринята попытка перестроить церковь в барочном стиле, но результат оказался неудачным, и она надолго пришла в упадок. Окончательный вид церковь приобрела после масштабной реконструкции в конце XIX века под руководством архитектора Фригиса Шулека, главной целью которой было приблизить внешний облик церкви к оригинальному готическому виду XIII века. При реконструкции был открыт ряд сохранившихся средневековых фрагментов, которые были встроены в новое здание храма. В церкви Святого Матьяша проводились коронации последних венгерских монархов (династии Габсбургов). В настоящее время церковь является действующим храмом и одним из символов Будапешта.